National Academies of Sciences, Engineering, and Medicine (2025) Publishing in the Age of Open Science: Proceedings of a Workshop – in Brief. Washington, DC: The National Academies Press. 12p. – https://doi.org/10.17226/27876 – free access document pdf po registraciji z elektronsko pošto
About the publication (predstavitev publikacije):
V dneh 21. in 22. februarja 2024 je okrogla miza za kemijske znanosti nacionalnih akademij znanosti, inženirstva in medicine ZDA gostila delavnico z naslovom Objavljanje v dobi odprte znanosti, na kateri so razpravljali o različnih prednostih in vprašanjih, povezanih z odprtim dostopom in praksami FAIR (findable – najdljivi, accessible – dostopni, interoperabilityable – interoperabilni, reusable – ponovno uporabni) (angl. FAIR data) za raziskave in objave na področju kemije in kemijskega inženirstva. Ta zbornik na kratko povzema predstavitve in razprave, ki so potekale na delavnici.
Zbornik delavnice “Objavljanje v dobi odprte znanosti: Prihodnje posledice odprtega dostopa in poštenih podatkovnih praks za kemijske in kemijske inženirske publikacije,” ki ga je gostila Chemical Sciences Roundtable pri National Academies of Sciences, Engineering, and Medicine (NASEM), 21.–22. februarja 2024.
Namen delavnice:
Poročilo povzema predstavitve in razprave, ki so potekale na delavnici, ki je preučevala koristi in izzive, povezane z odprtim dostopom in FAIR (najdljiv, dostopen, interoperabilen, ponovno uporaben) podatkovnimi praksami za raziskave in publikacije v kemiji in kemijskem inženirstvu.
Glavne teme in ideje delavnice:
1. Odprta znanost in njena definicija:
- Maryam Zaringhalam iz OSTP (White House Office of Science and Technology Policy) je predstavila uradno definicijo ameriške zvezne vlade o odprti znanosti: “načelo in praksa omogočanja raziskovalnih produktov in procesov vsem, ob spoštovanju različnih kultur, ohranjanju varnosti in zasebnosti ter spodbujanju sodelovanja, ponovljivosti in enakosti.”
- Po besedah Zaringhalam je napredek politik odprte znanosti ključen za doseganje številnih vladnih ciljev, od omejevanja emisij toplogrednih plinov do končanja raka, hkrati pa spodbuja pravične rezultate za vse Američane, krepi zaupanje javnosti v znanost in krepi nacionalno odločanje.
- Osnovno načelo, ki je osnova za pristop OSTP k javnemu dostopu, je, da bi morale biti raziskave, ki jih financirajo ljudje, brezplačno in takoj dostopne ljudem.
2. Poudarek zveznih politik ZDA o odprtem dostopu:
- Tako imenovani “Holdrenov memorandum” iz leta 2013 je naročil zveznim agencijam ZDA z več kot 100 milijoni dolarjev letnih izdatkov za raziskave in razvoj, da razvijejo načrte za povečanje javnega dostopa do publikacij in podatkov.
- Memorandum Dr. Alondre Nelson iz leta 2022 je odstranil 12-mesečni embargo na publikacije iz memoranduma iz leta 2013 in okrepil smernice za izmenjavo podatkov in drugega znanstvenega gradiva.
- Določbe OSTP pozivajo raziskovalce, da že na začetku svojih projektov razvijejo načrte za upravljanje in izmenjavo podatkov.
- Memorandum o javnem dostopu iz leta 2022 vključuje določbe za zagotavljanje znanstvene in raziskovalne integritete prek preglednosti in odgovornosti.
- Ključno vlogo pri doseganju preglednosti in odgovornosti imajo PID-ji (Persistent Identifiers), torej standardizirane edinstvene digitalne identifikacijske oznake.
3. Prioritetna področja OSTP za odprto znanost:
- Razvoj in izboljšave infrastrukture.
- Usposabljanje in razvoj zmogljivosti za odprto znanost.
- Vključevanje skupnosti za širitev udeležbe v odprti znanosti.
- Spodbude za spodbujanje odprtih raziskovalnih praks.
4. Prizadevanja DOE (U.S. Department of Energy) za javni dostop:
- OSTI (Office of Science and Technical Information) je ustanovil DOE PAGES kot repozitorij za članke, ki jih financira DOE.
- 80 do 90 odstotkov znanstvenih člankov, ki jih objavijo raziskovalci v 17 ameriških nacionalnih raziskovalnih laboratorijih, je zdaj na voljo brezplačno.
- Zaradi tega so izumitelji in mala podjetja te članke v svojih patentnih prijavah citirali veliko pogosteje (42 oziroma 49 odstotkov več), kot so jih citirali pred razvojem PAGES.
- Cilj OSTI je imeti odprte publikacije, odprte podatke in odprtokodno programsko opremo, ki so med seboj brezhibno povezani.
5. Vloga znanstvenih društev (Royal Society of Chemistry, American Chemical Society):
- RSC (Royal Society of Chemistry) je zavezan spodbujanju prehoda na odprto znanost, ki je o tem, da je vsak del raziskovalnega cikla dostopen vsem, ne samo raziskovalni rezultati.
- RSC si prizadeva za celovit odprt dostop do leta 2028, stroške pa bi lahko pokrile knjižnice, vlade in financerji.
- ACS (American Chemical Society) priznava, da ima vlogo pri lajšanju deponiranja, shranjevanja in pridobivanja podatkov na način, ki avtorjem pomaga dobiti priznanje za svoje delo.
- ACS razvija Chemistry Databank kot mesto za raziskovalce za deponiranje digitalnih podatkov, povezanih s kemijo, vključno z orodji za iskanje, dostopanje in delo s podatki.
- Znanstvena društva imajo edinstveno in kritično vlogo v založniškem ekosistemu, saj vlagajo nazaj v svojo skupnost, pomagajo določiti norme za disciplino, izobražujejo naslednjo generacijo, so zavezana varovanju integritete literature in izobražujejo znanstvenike o dobrih raziskovalnih praksah.
6. Izzivi, s katerimi se soočajo raziskovalne knjižnice:
- Stroškovni pritiski (stroški za znanstvene revije še naprej rastejo).
- Prizadevanja za širjenje prizadevanj med številnimi knjižnicami s programi, kot so medknjižnična izposoja, kolektivne zbirke in nadzorovano digitalno izposojanje.
- Podpora avtorskim pravicam (zlasti izobraževanje avtorjev o tem, kako se dobro odločati).
7. Trajnost podatkovnih repozitorijev:
- Pomen “FAIR” podatkovnih repozitorijev in podatkov, ki so “rojeni FAIR.”
- Potreba po podatkovnih modelih, standardih metapodatkov in odprtih, ne-lastniških formatih podatkov.
- FAIR digitalni objekti so nastajajoča tehnologija, v kateri so digitalne informacije ovite v metapodatke z ustreznimi PID-ji, tako da objekti postanejo strojno izvedljivi delčki informacij, zaradi česar so podatki čim bolj dostopni in ponovno uporabni.
- “Če lahko dokažete vrednost, bodo ljudje ugotovili, kako jo financirati.” – Olaf Wiest
- Predlog, da bi 2–3 odstotke ameriškega zveznega raziskovalnega proračuna lahko namenili za ustanovitev javnih podatkovnih repozitorijev.
8. Podatkovni izzivi v dobi umetne inteligence (AI):
- Pomembnost visokokakovostnih podatkov (zaupanja vredni in pregledni, kurirani, popolni in dosledni ter imajo znane negotovosti).
- Izzivi dela s “duhovi” (implicitni ali celo sklepni podatki) in “troli” (nedelujoči elektronski laboratorijski zvezki).
- Uporaba podatkovnih tokov v kombinaciji z reprezentacijo molekul in algoritmov za izvajanje kemije na nov način (“podatkovna kemija”).
- Projekt Open Reaction Database (ORD) omogoča prosto in javno dostopnost podatkov o reakcijah za vsakogar.
9. Primer proteinske podatne zbirke (Protein Data Bank – PDB):
- PDB je bil ustanovljen leta 1971 kot prvi digitalni podatkovni vir z odprtim dostopom v biologiji.
- Podatki PDB so se izkazali za bistvene pri odzivanju na pojavljajoče se viruse (SARS-CoV, MERS-CoV in pandemija COVID-19).
- Cepiva proti COVID-19, zasnovana z informacijami iz PDB, so zaslužna za reševanje desetine milijonov življenj.
10. Platforma nanoHUB:
- nanoHUB je odprta spletna platforma, ki uporabnikom ponuja brezplačne podatke in orodja za simulacijo.
- Promovira poštene podatke, orodja in poteke dela.
- Pospešuje inovacije in je dragocen za izobraževanje.
11. Sci-Hub in piratstvo znanstvenih člankov:
- “Guerilla open access” je del resničnosti odprtega dostopa; večina znanstvenih člankov je javnosti na voljo brezplačno, vendar z nepooblaščenimi sredstvi.
- Številni ljudje to ne vidijo samo kot sprejemljivo, ampak tudi kot moralno pravilno.
- “Študenti, knjižničarji in znanstveniki, ki imajo privilegij dostopa do znanja, imajo tudi dolžnost, da ga delijo s svetom.” – Guerilla Open Access Manifesto
12. Industrijska perspektiva (Merck):
- Farmacevtska industrija objavlja članke o svojih raziskavah (pomaga pri napredku in vplivanju na znanost, daje podjetju svobodo delovanja, spodbuja sodelovanje).
- Vendar je le približno 20 odstotkov znanosti v patentih dejansko konča v reviji, objavljenih pa je le približno 5 odstotkov podatkov, ki jih ustvarijo farmacevtska podjetja.
- Odprt dostop bi lahko pospešil odkrivanje zdravil in izboljšal zdravje ljudi, vendar bi stroški objave lahko omejili pripravljenost farmacevtskih podjetij za objavo rezultatov v teh revijah.
13. Prizadevanja MIT za odprt dostop:
- Razvoj določenih in zanesljivih skladov.
- Izgradnja interoperabilne, prilagodljive in avtomatizirane infrastrukture.
- Vzpostavitev smernic za dobre prakse, ki so specifične in izvedljive.
- Okvir MIT za pogodbe z založniki zajema zaščito avtorskih pravic avtorjev, storitve z dodano vrednostjo in pregledne modele cen.
14. Podpora za upravljanje in izmenjavo raziskovalnih podatkov (University of Minnesota):
- Izobraževanje in posvetovanje o upravljanju podatkov in izmenjavi podatkov.
- Podatkovni repozitorij University of Minnesota (brezplačen, odprt dostop).
- Sodelovanje z Data Curation Network.
- Model kuriranja podatkov CURATE(D) (check, understand, request, augment, transform, evaluate, and document – preveri, razumi, zahtevaj, dopolni, preoblikuj, oceni in dokumentiraj).
- Izzivi pri obravnavi velikih podatkov, stroški dolgoročnega shranjevanja in prihodnja rast.
Ključne ugotovitve:
- Delavnica je poudarila, da je prehod na odprto znanost zapleten proces, ki zahteva sodelovanje med vlado, akademskimi ustanovami, založniki, knjižnicami in raziskovalci.
- Potreben je uravnotežen pristop, ki upošteva tako prednosti kot tudi izzive odprtega dostopa in FAIR podatkovnih praks.
- Pomembno je, da se zagotovi trajnost podatkovnih repozitorijev, rešuje vprašanja glede kakovosti podatkov in se razvijejo standardizirani protokoli za upravljanje podatkov.
- Izobraževanje in usposabljanje raziskovalcev o dobrih praksah upravljanja podatkov sta bistvena za uspešno izvajanje politik odprte znanosti.
- Skupna prizadevanja in nenehna komunikacija so ključni za premagovanje izzivov in izkoriščanje priložnosti, ki jih ponuja odprta znanost.